2021(1).
摘要:
背景:三分三(Anisodus acutangulus)是中国云南省特有的多年生草本茄科植物。作为民间草药,三分三药材已有数百年的药用历史,主要用于治疗骨折、风湿、腰腿痛、淤肿等症状,其核心药用成分为托品烷类生物碱(TAs)。曼陀罗、天仙子、颠茄、赛莨菪和曼陀罗等部分茄科植物中均含有TAs,这类富含TAs的植物大多数都归类为茄科天仙子亚族,但是由于传统分类法和经典分类法的限制经常会有不同的分类结果,所以天仙子亚族之间的关系并不是十分清晰。而随着分子生物学技术的快速发展,现代分子生物学分类的分类结果较之则更为准确。叶绿体是植物细胞中最重要、最常见的质粒之一,是光合作用的重要细胞器场所。它有自己独立的基因组序列,其结构和基因在高等植物中是相对保守的,常用以现代分子分类。目的:使用叶绿体全基因组序列阐释三分三在茄科分类系统中的进化位置。方法:使用Illumina HiSeq 4000测序获得双端原始数据,并通过过滤拼接得到叶绿体全基因组序列。通过与其他产TAs的茄科植物对叶绿体全基因组序列的密码子偏好性、简单重复序列和核苷酸变异性等进行比较来分析三分三全基因组序列特征,并以玄参科植物为外群和22个茄科植物进行系统发育分析,确定三分三在茄科分类系统中的进化位置。结果:获得了一条含有156082 bp碱基的三分三叶绿体基因组序列,与其他叶绿体基因组结构一致,均为双链环形结构,包含1个长单拷贝区(LSC)、1个短单拷贝区(SSC)以及2个反向重复区(IRa和IRb)。茄科叶绿体基因组在序列长度、基因组成以及GC含量等方面相对保守,但4个区的边界存在些许区别。茄科叶绿体全基因组序列中非基因编码区序列存在较大差异,变异程度较高,而基因编码区差异较小,具有较高的保守性。在叶绿体基因组四段序列中,LSC区变异程度最高,IR区变异程度最低。其中,trnH-psbA、trnK-rps16、rps16-trnQ、rpoB-trnC、rpl36-rps8、ndhF-rpl32、rpl32-trnL和ycf1这八个基因区域有较大的变异,可作为新DNA条形码序列用于鉴别茄科植物分类。系统发育进化树分析结果中将三分三与与天仙子形成一个分支。结论:三分三叶绿体全基因组序列具有较高的保守性,系统发育分析归类于天仙子亚族。基于叶绿体全基因组序列构建的系统发育进化树在一定程度上可以揭示三分三在茄科分类系统中的进化位置。